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Learning/codex - #1
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- 在 README.md 中增加新建 repo learning 任务的 CLI 初始化说明，强调用户实践的重要性。 - 新增教练式交互改进计划文档，明确提问协议、notes 和 guides 的职责区分，强化用户参与和思考。 - 更新相关模板和提示，确保学习过程中的用户实践和验证，避免 Agent 代替用户生成学习笔记。
- 在 README.md 中补充 `validate` 的功能说明，强调其仅检查结构和文件存在性，不验证 `notes/` 中的用户证据。 - 在状态渲染逻辑中引入 `RECENT_TRANSITION_LIMIT` 常量，优化最近状态流转的显示数量。 - 更新 CLI 输出，明确 `validate` 检查的内容，确保用户理解验证过程的局限性。 - 修改任务执行命令中的 actor 字段，统一为 `daedalus-cli`，提升一致性。 - 新增自进化验证报告文档，记录验证过程和结果，确保功能符合预期。
本次提交新增 OpenAI Codex CLI 学习工作区，已完成目标确认、问题路线图、repo 拉取方案、运行调试记录、初版架构笔记和核心链路图。 当前学习进度： - 已确认学习重点为 Agent loop、上下文管理、工具调用、权限审批和沙箱边界。 - 已验证 `codex` multitool 入口、`codex exec` 非交互入口和 `codex-exec` 测试可运行。 - 已沿源码初步定位 `cli -> exec -> ThreadManager -> CodexThread/session` 的主路径。 - 已沉淀 Codex Agent loop、上下文压缩、工具审批与沙箱机制的阶段性架构笔记和图示。 阶段性收获： - Codex 的核心不是单一 ReAct 循环，而是由 CLI/TUI 入口、thread/session、事件流、工具编排、审批策略和沙箱执行共同组成的本地 Agent 运行时。 - `exec` 路径比 TUI 更适合作为第一条可复现调试路径，可先用于验证入口、配置、事件输出和核心 session 创建。 - 学习记录需要区分用户原始理解、Agent 校准和源码验证结论，避免把未验证假设直接写成最终知识。 同时补充 repo-learning 教练提示词和 Mermaid 规则，使后续源码学习能够持续记录问题、回答、校准、验证路径和图示约束。
- 新增 `daedalus state rollback`，用于将学习任务回退到已到达阶段，同时保持 state.toml、state.md 和 transition 审计记录一致。 - 同时重写 repo-learning skill 和相关 prompts，将后续 repo 学习规则收敛为“生产问题 -> naive 失败 -> 源码应对 -> 不变量 -> trade-off -> 可迁移模式”，并把 Codex 学习任务回退到 code-reader 阶段继续深读。
Co-authored-by: Cursor <cursoragent@cursor.com>
## 变更概览 - 新增 Outcome Map 驱动的 repo-learning 导航方式，让每一步学习都绑定最终产物、当前缺口和下一步解锁内容。 - 将 guides / notes 从阶段单文件升级为阶段目录入口，支持 README 导航和专题文件沉淀。 - 强化 08-demo-coder 的用户实践边界和 review 后进度同步规则，避免 Agent 越界代写或忘记更新学习地图。 - 更新 repo 模板、CLI 校验和 workflow 测试，以支持新的 required artifacts。 - 推进 Codex CLI 学习任务，完成 Phase 1 mini demo 的 approval decision、simulated sandbox runner 和 retry gate，并补齐对应单测。 ## 验证 - demo cargo test: 24 passed - daedalus-cli cargo test: 21 passed - pre-commit: cargo fmt / check / clippy / test passed
## 变更概览 - 新增 demo 的 agent::llm 模块，定义 LLmRequest、Llm trait、EventStream 与 StreamEvent。 - 新增 OpenAiCompatibleLlm，使用 reqwest bytes_stream 与 async_stream 将 Chat Completions 流式响应逐步映射为 StreamEvent。 - 新增 Rust/OpenAI integration guide，记录 Rust 中接入 OpenAI streaming、SSE 解析和 function calling 的实现路径。 - 更新 08-demo-coder 子地图，把 Slice 6 从 scripted model 调整为真实 OpenAI-compatible streaming loop。 - 记录当前 Slice 6 进度和待解决问题：协议目标需收敛、SSE parser 需增强、Default panic 需改造、parser fixture tests 仍待补齐。 ## 验证 - demo cargo test: 24 passed, 2 ignored - demo cargo fmt --check: passed - git diff --check: passed
- 将 08 demo coder guide 从 Responses API 口径调整为 DeepSeek / OpenAI-compatible Chat Completions。 - 同步 outcome-map、todo 和 validation-log，移除已解决的多 tool 切换待办。
- 引入 Project/Topic/Shared Context 三层 workspace 与 CLI - 新增 topic/migrate 命令并调整 state/validate/task/TUI 语义 - 迁移当前 Codex 学习任务到 topics/tools-permissions - 更新 repo-learning prompt、skill、模板与审计脚本 - 补充多专题初始化、迁移、topic 生命周期和 project 完成测试
- 设计 Review System 作为 completed topic/project 的独立生命周期 - 设计 Knowledge System Extraction 的 evidence promotion pipeline - 细化 filesystem、state、CLI、prompt、template、validation、TUI 和测试方案
- 新增 review-guidance 与 knowledge-system-extraction common prompt - 新增 review 和 knowledge-system 文件模板 - 将 repo-learning skill、resume、archivist、export-knowledge 接入第一性原理链路 - 明确复习不重开学习生命周期，知识萃取必须带 evidence、trade-off 和迁移边界
- 新增 review 领域模型、应用层、CLI、render/validate 与 session 生命周期 - 新增 knowledge extract/promote/export/list/validate 流程和 validate --reviews --knowledge - TUI 增加 Review Focus 与 Knowledge Focus 只读状态 - 更新计划、changelog、模板入口和当前 Codex learning workspace scaffolding - 补充 CLI workflow 覆盖 review 与 knowledge 端到端行为
- 新增 daedalus ide sync-rust-analyzer，自动刷新 VSCode linkedProjects。 - 实现 demo ReAct loop、tool event 和 OpenAI-compatible 多 tool call 聚合。 - 更新 08 学习进度、实践 notes 和下一步 hardening guide。
- 为 `make build` 的 release artifact 摘要增加 ANSI 高亮。 - 保留 cargo 原始输出，只增强最终路径提示。
- 优先从当前阶段的 slice guide 生成 Next Action，显示 Current、Slice、Gap、Next、Unlocks 和 Guide。 - 将 Next Action 视觉层级收敛为标签高亮、正文统一、路径弱化，避免多色混乱。 - 增加单测锁定 slice action guide 优先级。
- 接入顶层 tool module，并让 ReActAgent 通过 ToolRuntime 执行 add/sub pure function。 - 补齐 ToolRuntime pure function 单测，错误路径只断言失败变体，不锁内部错误文案。 - 强化 daedalus review checkpoint 与测试断言规则，并同步 tools-permissions 学习地图。
- 在 repo-learning 全局指令中要求 notes/guides 专题文件使用 01- 前缀 - 迁移 Codex tools-permissions topic 的现有 notes/guides 文件名 - 同步 outcome-map、todo、state 和阶段 README 链接
- 新增 Current Cursor Sync Gate，限制为边界变化才同步 - 区分轻量光标同步和完整 micro checkpoint - 更新 resume、08-demo-coder、topic 模板和当前 Codex 学习光标
- 实现 macOS sandbox-exec backed OsExecutionRunner - 增加 runner 与 ToolRuntime 真实 OS sandbox examples - 补充 sandbox-exec Rust 使用笔记和 demo 验收说明 - 同步 topic 状态到 Phase 2B
- 新增 demo cli 模块，支持 prompt 输入、事件日志、滚动和 approval 面板 - 将 binary 接入真实 ReActAgent、OsExecutionRunner 和 approval channel - 补充 ratatui 学习 guide、Slice 13 实现笔记和当前任务进度 - 收窄 reqwest/tokio feature 并更新 Cargo.lock
- 重写 demo ratatui UI，改为 keyboard / agent event 双通道驱动，修复 streaming 事件依赖输入刷新的问题 - 新增 approval-test capability，用于无副作用验证审批面板 - 更新 demo README、Slice 13 closeout note、业务迁移方案和知识库归档 - 完成 tools-permissions topic 的 08/09/10 阶段并关闭专题
- 新增第一次 repo-learning 闭环 evolution 回顾报告 - 按 project/topic/review/knowledge 最新模型重写 README - 记录 Codex tools-permissions topic 的完整验证样本和当前状态
- 按视觉行计算 transcript tail scroll，避免长文本换行后遮住 completed 事件 - 补充 view 层滚动边界测试 - 同步 Slice 13 文档和最新测试结果
- 为 assistant/thinking 增加 Markdown 渲染和表格兜底 - 为 ReActAgent 增加同进程短期 messages memory - 为 OsExecutionRunner 增加执行超时，避免 TUI 卡死 - 对复杂 shell 语法 fail closed，避免 prefix 白名单误放行 - 同步学习产物和验证结果
- 新增项目专题稳定工作区方案与知识库自进化方案 - 迁移 Codex topic 早期 notes/guides 到阶段目录 - 同步当前学习地图、todo、artifact index 与验证记录
- 将正式学习项目迁移到 workspaces/projects，backlog 迁移到 workspaces/backlog - 新增 current.toml、project-index.toml、current-project/current-topic 投影 - 项目完成后进入 idle，不再移动到 completed bucket - 为 .archive 生成 AI/search ignore 与 Claude Code permissions.deny - 更新 CLI、TUI、模板、提示词、README 和当前 Codex 示例 - 验证 cargo test -p daedalus-cli、workspace validate、git diff --check
- 删除 knowledge extract/promote/export 这类 CLI 内容生成能力，只保留 template/index/list/link-check/validate。 - 新增 knowledge-base 八类条目结构、模板、索引和 Codex demo 首批知识样本。 - 新增 daedalus knowledge skills 与跨 agent skill 软链接，把萃取、晋升、重组放回 agent 工作流。 - 更新 README、prompt contract、archivist 和 repo-learning coach，统一知识归档边界。 - 验证 cargo fmt、cargo clippy、cargo test、knowledge validate/link-check 和 Codex workspace validate。
- 删除 knowledge-extract skill 中重复的 CLI 边界说明，避免局部 skill 过度承载全局约束。 - 精简 knowledge-promote 的 contract 表述，保留晋升判断与确定性校验边界。 - 更新 VSCode rust-analyzer linkedProjects，指向稳定 current-project 和 projects 下的 Codex demo。
- 新增 Human-Owned Notes 协议，要求 notes 和 closeout retrospective 由用户主动完成。 - 删除 daedalus-knowledge-* skills、跨 agent skill 软链接、Knowledge System Extraction prompt 和旧 knowledge-system 模板。 - 改写 repo-learning coach、archivist、README、AGENTS 和 operating contract，明确 AI 只做提问、挑战、外部参照、组织和校验。 - 保留 knowledge CLI 的 template/index/list/link-check/validate 结构能力，不生成知识结论。 - 验证 cargo fmt、cargo clippy、cargo test、knowledge validate/link-check 和 Codex workspace validate。
- 新增 topic reflection 模板和当前 tools-permissions closeout 占位 - 回滚 Codex tools-permissions topic 的 completed 状态，恢复为 10-archivist active - 删除此前 Agent 生成的 knowledge-base 条目，保留用户 closeout 前的空知识库结构 - 更新 todo、outcome-map、long-context、README 和 current symlink，指向用户主动回顾 - 清理模板文案型字符串断言，避免测试绑定非业务文案
- 将 closeout 模板改为 daedalus 直接对学习者说话 - 用单段引用提醒 topic 回顾适合在大块连续时间完成 - 同步当前 Codex tools-permissions topic 的 closeout 提示
- 明确 Agent 从 workspaces/.daedalus/current.toml 或 current-topic 恢复 active context - 同步 AGENTS.md、CLAUDE.md、resume 和 repo-learning skill 的状态源规则 - 删除旧 shared/knowledge-system scaffold，避免回到 AI 知识萃取流程 - 修正当前 topic 文档中的旧 workspace 路径与 CLI 错误提示
- 新增 awaiting-reflection topic lifecycle 和 topic await-reflection 命令 - 拆分 current-topic 与 closeout-topic 投影，支持 pending closeout 不阻塞新 active topic - 强化 validate 对 current/closeout 指针和 symlink 的一致性校验 - 更新 repo-learning prompt、模板、AGENTS/CLAUDE 和当前 Codex topic 状态 - 补充 changelog 与 closeout pending 生命周期计划
- 顶层 workspace 只投影 active topic 和 pending closeout 的行动入口 - 删除 idle project 的 current-project 与 closeout-project 投影 - 生命周期命令自动刷新 rust-analyzer linkedProjects - 支持 current-topic / closeout-topic demo manifest 的 IDE 索引
- 增加可复用学习方法的沉淀层级判断 - 将图文分工方法论提升到通用 diagram 指南 - 在 closeout 模板和归档阶段检查图的分层表达 - 要求 Agent 不把通用方法只埋在当前 topic
- 收敛 tools-permissions 用户 closeout 反思 - 补充工具权限、ReAct loop 和 CLI 分层图 - 同步学习地图进入 knowledge-base gate - 记录 closeout challenge 已在对话中完成
- 新增 Closeout Push Protocol 定义收尾 gate - 要求 closeout gate 满足后主动同步地图并推进 - 接入 archivist、human-owned notes 和 repo-learning skill - 更新 closeout 模板，减少用户反复提醒摩擦
- 将 10-archivist 重命名为 10-reflection，回顾总结产物统一放入 reflection/ 平级目录 - 更新 repo topic 模板、当前 Codex topic 状态地图、todo、artifact index 和 long context - 调整 CLI validate、topic closeout、TUI current reading 与相关测试 - 迁移并清理旧 guides/10-archivist 路径和历史 plan/changelog 命名
- 将 reflection 候选表统一命名为 candidate-map.md - 将 candidate-map 调整为贯穿 01-09 的滚动学习产物 - 让 10-reflection 基于已有候选表查漏补缺、去重、降噪和确认状态 - 收敛候选分类为主题核心、底层原理、工程模式 - 固定候选状态为候选中、总结中、已归档、已忽略 - 同步模板、prompt、TUI、validate、测试和 Codex 当前 topic 状态
- 将知识条目字段从机制模型统一为底层原理 - 在归档协议中补充第一性原理和底层原理要求 - 增加 knowledge-base 主落点路由规则 - 校准 Codex tools-permissions 候选表状态
- 归档 Codex tools-permissions 的问题、模式、概念、技能、案例、源码映射和练习条目 - 完成 tools-permissions topic 的 reflection 阶段并关闭 pending closeout 投影 - 修复 awaiting-reflection topic 完成 10-reflection 后无法完成 topic 的生命周期问题 - 同步 rust-analyzer linkedProjects、current.toml、todo 和 outcome-map 状态
- 删除固定知识模板和过细类型桶 - 改造 knowledge CLI 为路径式空白骨架 - 重写 Codex tools-permissions 知识条目 - 增强 knowledge validate 检查陈旧索引
- 将知识库单篇标准提升为技术博客/课程级 - 为 Codex tools-permissions 条目补充机制图和失败模式 - 增加代码落点、工程取舍和自测问题
- 新增 apps/knowledge-web，基于 knowledge-base 重新策展 Codex tools-permissions 学习内容 - 使用 Mermaid 渲染核心状态机、事件流和 sandbox/async/TUI 架构图 - 补充 scenario 交互、代码落点、失败模式、自测问题和来源索引 - 新增 knowledge-web-curator skill、make web 入口和知识网页质量检查 - 重写 Codex repo-learning evolution 报告，更新为 closeout/knowledge/web 完整闭环
- 重写 README 为面向人类的项目入口，移除 CLI 和脚本细节 - 将 evolution 报告从 Codex 复盘改为 daedalus 系统进化报告 - 修复 knowledge web inline code 裸露 Markdown 语法的问题
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Summary
这个 PR 是 Daedalus 第一个完整学习闭环的实战验证：以 Codex
tools-permissionstopic 为试验场，从源码阅读、问题引导、mini demo 实现、reflection closeout，到知识库归档和知识网页展示，完整跑通了一次「filesystem-first deep learning coach」的产品路径。它不只是一次 Codex 学习记录，更重要的是 Daedalus 自身在这次真实学习中完成了一轮系统性进化。
What Changed
学习模型与 Workspace 生命周期
project -> topic模型。current-topic/closeout-topic等稳定入口，让人和 Agent 都能快速定位当前上下文。awaiting-reflection：实现和验证完成不等于学习完成，必须经过用户主动 reflection 才能真正 closeout。Coach 协议升级
Codex Tools-Permissions 学习 Topic
tools-permissions学习 workspace。Rust Mini Demo
实现了一个可运行的 Codex-inspired mini agent：
run_commandsandbox-execrunnerKnowledge Base 与 Web Atlas
knowledge-base从固定模板改为可演化的知识树。apps/knowledge-web：用网页把知识库转成可阅读、可演示、可关联的知识界面，包含 Mermaid 图、场景推演、失败模式、代码样式和来源索引。CLI / TUI / Developer Workflow
Validation
make knowledge-web-checkgit diff --checkcargo test -p daedalus-cli、workspace validation、knowledge validation/link-check、demo tests，用于验证学习闭环和 demo 实现。Review Focus
Notes
这个 PR 故意比较大，因为它代表 Daedalus 的第一次真实端到端验证。Codex topic 是试验场，真正的主线是 Daedalus 从一个 repo-learning 工具，进化成一个更完整的深度学习系统。